Desde el comienzo el instituto ha sido una unidad de carácter interdisciplinaria que tiene como objetivo primordial el estudio de un problema complejo: la situación del sector rural en el país. En este sentido genera un modelo de investigación, docencia y extensión frente a la problemática del sector. En el año 1992, a raíz del proceso de planeación estratégica de la universidad, nace como tal el Instituto de Estudios Rurales ya que desde 1978 venía funcionando bajo diversos nombres y dependencias: como unidad dentro del comité de investigación, luego como departamento de investigación, más tarde como unidad de estudios rurales dentro del programa de investigación de la facultad de ciencias económicas y administrativas; hasta que finalmente en enero de 1998, es integrado a la nueva facultad de estudios ambientales y rurales, la cual se creó mediante el acuerdo No. 188 del Consejo Directivo de la Universidad.

El énfasis del instituto está en su carácter interdisciplinario e investigativo pero incluye también acciones de intervención en procesos sociales. La investigación busca el fortalecimiento de las actividades de docencia y extensión. Su característica más importante es el trabajo en equipo para que pueda ser posible la interdisciplinariedad. Desde esta perspectiva se trabaja con profesionales provenientes tanto de las ciencias sociales, las ciencias de la salud, las ciencias básicas y las ciencias agropecuarias.

El compromiso principal del instituto es articular, rigurosamente, la investigación y los resultados con los procesos de desarrollo, aportando la producción de conocimiento a dichos procesos y buscando que puedan ser útiles socialmente a los sectores implicados. En forma permanente se trabaja en la generación y búsqueda de metodologías de investigación, que procuren vincular a los diferentes grupos con los procesos de investigación y faciliten el diálogo de saberes y articulación de los conocimientos a la sociedad en general, especialmente al sector rural, con una visión de sostenibilidad y de fortalecimiento del sector solidario.

La estructura del instituto está organizada en cinco líneas de investigación que agrupan equipos de trabajo de diferentes unidades académicas de la facultad y de la Universidad.

Dichas líneas son:

1. Cultura, política y sociedades rurales.
2. Sistemas de producción y sistemas Agroalimentarios.
3. Sector solidario y desarrollo regional.
4. Intervención institucional y participación en el desarrollo rural.
5. Metodologías de investigación y participación comunitaria.
6. Modelos emergentes de desarrollo.