El Instituto tiene sus orígenes desde finales de la década de los 80, donde varias experiencias de investigación en diferentes unidades académicas de la Universidad, dieron lugar a que se hiciera necesaria una aproximación a la problemática ambiental desde diversas perspectivas. De esta manera, se desarrolló un proceso por medio del cual se generó la construcción de un marco teórico y metodológico que fue impulsando el contacto de investigadores, Departamentos y Facultades, hasta generar un espacio de convergencia, la creación del IDEADE.

El 15 de junio de 1994, el IDEADE se crea como instituto dependiente directamente de la Vicerrectoría Académica. Con ello se busca que el Instituto sirva de espacio interdisciplinario para la integración de los trabajos que en este tema realizan las diferentes Unidades Académicas de la Universidad. De esta manera, se articulan las funciones de investigación, docencia y administración bajo un marco operativo común, y con una visión unificada de las proyecciones del quehacer de la Universidad en relación con la problemática ambiental colombiana.

El 1 de enero de 1998 se creó la Facultad de Estudios Ambientales y Rurales como resultado del proceso de consolidación académica e investigativa de la temática ambiental y rural en la Universidad y de esta manera el IDEADE se constituye como uno de sus insitutos.

Líneas de trabajo e investigación
Fundamentadas en el trabajo de planeación estratégica y con el propósito de fortalecer las actividades de investigación, consultoría y educación continua que permitan responder a los nuevos retos que impone la problemática ambiental del país y el desarrollo sostenible, en el mes de agosto de 2005 se redefinieron las lineas de investigación o temas de trabajo, estas nuevas lineas de investigación son:

1. Política y sistemas de gestión ambiental: estudiar las políticas y los sistemas de gestión ambiental, a diferentes escalas territoriales, en el sector público y privado; para aportar a la solución de los problemas ambientales.
2. Sistemas de información e indicadores para la caracterización, evaluación y seguimiento de procesos ambientales: analizar estos sistemas relacionados con las ciencias de la tierra, como con los procesos ecosistemicos y sociales.
3. Tecnología ambientales y gestión integral de residuos: caracterizar, analizar, seleccionar y diseñar tecnologías ambientales dirigidas a lograr la ecoeficiencia en el uso de recursos, los procesos productivos y la gestión integral, en cuanto a las energías alternativas, emisiones atmosfericas, residuos sólidos y vertimientos líquidos.
4. Desarrollo sostenible y uso del patrimonio natural y cultural: identificar y caracterizar el patrimonio natural y cultural, para lograr su uso adecuado como base para el desarrollo sostenible.
5. Ecología urbana: generar un espacio de reflexión interdisciplinario en relación con la ecología urbana, para construir conocimiento que contribuya a la transformación y mejoramiento de la calidad de vida en los ambientes urbanos.
6. Educación ambiental: construir una nueva visión de la relación hombre-naturaleza, y buscar su implementación para cambiar comportamientos y actitudes que impidan la sostenibilidad