La Facultad de Ciencias de la PUJ, creada el 15 de septiembre de 1971, tuvo su origen en la División de Ciencias Básicas, conformada en 1966, por los Departamentos de Biología, Física, Matemáticas y Química. Más adelante en 1972 y 1974 se integraron a la Facultad los departamentos de Nutrición y Bioquímica y Microbiología, respectivamente.   Actualmente, la Facultad promueve la transferencia y generación de conocimiento en ciencias biológicas, biomédicas, exactas y naturales.  Para lograr su objetivo, la Facultad ofrece cinco programas académicos de pregrado, tres especializaciones,  dos maestrías y un doctorado, apoyados en grupos de investigación enmarcados en sus seis Departamentos.  Los grupos generan desarrollos de carácter interdisciplinar, transferibles a través de alianzas con la industria.  La Facultad ofrece cursos preuniversitarios  de diferentes áreas, los cuales enfocan temas de actualidad, y cuentan con la participación de científicos colombianos y extranjeros.

La Facultad está conformada por los Departamentos de Biología, Física, Matemáticas, Microbiología, Nutrición y Bioquímica y Química, así como por el Instituto de Errores Innatos del Metabolismo y los programas de pregrado de Bacteriología, Biología, Matemáticas, Microbiología Industrial y Nutrición y Dietética, y las Especializaciones de Análisis Químico Instrumental, Hematología en el Laboratorio Clínico y Manejo del Banco de Sangre y Microbiología Médica, las Maestrías en Ciencias Biológicas y Física Médica y el Doctorado en Ciencias Biológicas, con los cuales se llevan a cabo todas las actividades académicas e investigativas.  La infraestructura  física y el uso de las tecnologías de punta, permiten a los investigadores, abordar problemas de investigación pertinentes y de relevancia a nivel nacional e internacional.