Análisis de asociación genómica para identificación de variantes tipo snp asociados con resistencia a parasitos gastrointestinales en ovinos criollos
Artículo académico
Una limitante importante en los sistemas de producción ovina es el control de parásitos gastrointestinales, debido al uso indiscriminado de métodos de control químico poco efectivos. Objetivo: este trabajo se realizó con el fin de identificar las variaciones del ADN sobre las características fenotípicas asociadas con carga de parásitos gastrointestinales e índices de anemia en ovinos mediante un análisis de asociación genómica. Métodos: se registro información para variables fenotípicas (FAMACHA, hematocrito, hemoglobina, recuento de Eimeria spp., recuento de huevos fecales) y se construyó un índice de anemia. La información se registró durante dos años en 180 animales de las razas Criolla y Mora colombiana, se seleccionaron animales con fenotipos extremos (n=40) que fueron usados para genotipado a gran escala (chip Ovine SNP50 BeadChip). Resultados de información fenotípica y genotipado fueron analizados mediante la metodología ssBLUP utilizando una matriz de relaciones genómicas para estimar el efecto de cada uno de los SNP’s. Resultados: para la característica FAMACHA los cromosomas 3 y 6 presentaron el mayor número de SNP significativos (p<1.0e-7) con 16 y 11 SNP’s respectivamente; para el nivel de hematocrito y hemoglobina los cromosoma 4 y 7 (con 21 y 17 SNP’s respectivamente), para el conteo de huevos de Eimeria spp. el cromosoma 2 presentó 23 SNP’s significativos. Finalmente el índice de anemia presentó el mayor efecto sobre los cromosomas 4, 6 y X (con 10,12 y 12 SNP’s, respectivamente). Los cromosomas 2, 4 y 7 presentaron el mayor número de SNP’s significativos (46, 68 y 42 SNP’s, respectivamente). Para la variable hematocrito, el SNP de mayor significancia (cromosoma 7) se encuentra dentro del gen ATP8B4, el cual es descrito como ATPasa, que participa en el transporte de fosfolípidos a la membrana celular. Para conteo de huevos de Eimeria spp, el SNP más significativo (cromosoma 8) se encuentra dentro del gen AKAP12 y corresponde a una quinasa (PRKA). Conclusión: se identificaron regiones genómicas que presentan una asociación altamente significativa con características asociadas a parasitismos gastrointestinales en ovinos, esta información en el futuro pueden ser utilizada para selección asistida por marcadores moleculares.
