La presencia de hongos fitopatógenos en las semillas puede reducir la germinación, vigor de la plántula, población de plantas en campo y contribuir a la diseminación de enfermedades de una región a otra. El objetivo de este trabajo fue identificar los hongos presentes en semillas se Acacia mangium, Gmelina arbórea y Tectona grandis antes de introducirse al banco de germoplasma para su conservación. Para identificar la presencia de los géneros fúngicos se utilizaron los métodos de cámara humeda y los medios de cultivo, papa dextrosa agar (PDA), Czapek-Dox-Agar (CZA) y Sabourand 4% (SDA). Se identificaron once géneros de hongos entre los cuales Aspergillus ssp. y Penicillium sp. los de mayor incidencia. En el medio de cultivo PDA se desarrolló el mayor número de géneros. Las semillas con menor incidencia enterna de hongos (19%) fueron de A. mangium; mientras que las de T. grandis y G. arbórea presentaron incidencia del 23 y 67%, respectivamente. La desinfestación superficial de semillas evidencio que la incidencia de patógenos internos es superior a la tolerancia permitida (5%) para conservación de germoplasma, lo que indica la necesidad de efectuar tratamientos de semilla antes de almacenarlas.