Se construyó un microarray de ADNc de yuca basado en una gran base de datos EST de yuca y se usó para estudiar la interacción incompatible entre yuca y Xanthomonas axonopodis pv. Manihotis (Xam) cepa CIO151. Para la construcción de microarrays, 5700 clones del conjunto unigene de yuca se amplificaron por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y se imprimieron en portaobjetos de vidrio. La hibridación de microarrays se realizó utilizando ADNc de plantas de yuca (variedad resistente MBra685) recolectadas a los 12, 24, 48 hy 7 y 15 días después de la infección como tratamiento y ADNc de plantas inoculadas simuladas como control. Se encontró que un total de 199 genes se expresaban de manera diferencial (126 regulados hacia arriba y 73 regulados hacia abajo). Se observó una mayor proporción de genes expresados ​​diferencialmente a los 7 días después de la inoculación. Los perfiles de expresión y los análisis de conglomerados indican que, En respuesta a la inoculación con Xam, la yuca induce docenas de genes, incluidos principalmente aquellos involucrados en la explosión oxidativa, la degradación de proteínas y los genes relacionados con la patogénesis (PR). Por el contrario, los genes que codifican las proteínas que participan en la fotosíntesis y el metabolismo se regulan negativamente. Además, también se indujeron otros genes que codifican proteínas con función desconocida o que no muestran similitud con otras proteínas. Los experimentos cuantitativos de PCR en tiempo real confirmaron la fiabilidad de nuestros datos de microarrays. Además, demostramos que algunos genes se inducen más rápidamente en el cultivar resistente que en el susceptible. Los genes que codifican las proteínas que participan en la fotosíntesis y el metabolismo fueron regulados negativamente. Además, también se indujeron otros genes que codifican proteínas con función desconocida o que no muestran similitud con otras proteínas. Los experimentos cuantitativos de PCR en tiempo real confirmaron la fiabilidad de nuestros datos de microarrays. Además, demostramos que algunos genes se inducen más rápidamente en el cultivar resistente que en el susceptible. Los genes que codifican las proteínas que participan en la fotosíntesis y el metabolismo fueron regulados negativamente. Además, también se indujeron otros genes que codifican proteínas con función desconocida o que no muestran similitud con otras proteínas. Los experimentos cuantitativos de PCR en tiempo real confirmaron la fiabilidad de nuestros datos de microarrays. Además, demostramos que algunos genes se inducen más rápidamente en el cultivar resistente que en el susceptible.