FIAES, se originó en 1993 gracias a un acuerdo de reducción de deuda externa por naturaleza entre los gobiernos de los Estados Unidos de América y El Salvador, con la finalidad de apoyar el crecimiento sostenible y la conservación de los recursos naturales.  El surgimiento de los fondos ambientales a nivel global se da en el marco de la celebración de la Cumbre de la Tierra de Río de Janeiro, en 1992.