La Estación Experimental Agraria Santa Ana tiene como principal función ejecutar acciones de innovación agraria en recursos genéticos vegetales, cultivos andinos, frutales, hortalizas, maíz, raíces y tuberosas, animales menores, bovinos, ovinos, camélidos, pastos, rehabilitación de ecosistemas degradados, cambio climático, café, cacao. Así como realizar la producción de semillas, plantones y reproductores y brindar servicios de laboratorios y biocontroladores.