La organización de la COSUDE se fundamenta en una división humanitaria, una multilateral, una temática, así como tres geográficas. Asimismo, existen otras unidades que apoyan y asesoran la COSUDE en su conjunto, siendo estas la división Fundamentos y calidad, la sección Asesoramiento financiero y gestión del riesgo, el servicio especializado Gestión de la comunicación, así como la Secretaría CC CI.