El objetivo del Grupo de Trabajo sobre Sanidad Animal es mejorar la comunicación entre los tres países en lo que respecta a las enfermedades animales y trabajar para armonizar los diagnósticos en la medida de lo posible. Un seminario regional anual organizado por este Grupo de Trabajo y apoyado por el IICA ha demostrado ser eficaz para compartir tecnología, conocimientos y experiencia sobre varias enfermedades animales importantes, como la gripe aviar y porcina, la tuberculosis bovina y la encefalopatía espongiforme bovina.