El aguacate es un cultivo cuya importancia económica ha incrementado en los últimos años. El objetivo de este proyecto fue caracterizar molecularmente materiales de Persea americana Mill. procedentes de siete distintas fincas de la zona de Los Santos, por medio del uso de microsatélites (SSR), con el fin de determinar su diversidad genética. La mayoría de los árboles estudiados (64%) representaban diferentes fenotipos que fueron definidas por sus características agronómicas, además de otros materiales segregantes. Para el estudio, se utilizaron 14 SSR, de los cuales se seleccionaron 11 con los que se obtuvo un total de 151 alelos, para un promedio de 13.73 alelos por marcador y una diversidad genética promedio del 79-80%. Se determinó que la variación también depende de la finca donde se encontraban los materiales estudiados (64-81%). Nueve árboles
clasificados como Hass se analizaron y las distancias genéticas entre ellos variaron entre 9-34% En conclusión, se determinó que la zona de Los Santos es fuente de germoplasma diverso genéticamente el cual se puede utilizar para el mejoramiento genético del cultivo en el futuro. Segundo, los aguacates de consumo como el Hass, deberían ser uniformes en términos genéticos, por lo que la variabilidad observada requiere más investigación para determinar su origen y el impacto sobre la producción a mediano y largo plazo.