La comunidad de la Unidad Chetumal la conforman alrededor de 106 personas, de las cuales 72 son personal académico de nómina; además de personal de apoyo y personal administrativo. Colaboran siete personas del programa Investigadores e Investigadoras por México. Además, participa un número variable de postdoctorantes, estudiantes de posgrado, así como estudiantes externos que desarrollan sus tesis de licenciatura, prácticas y residencias profesionales, servicio social, estancias y voluntariado. En la Unidad Chetumal están presentes doce grupos académicos (GA) que pertenecen a los seis departamentos siguientes: Sistemática y Ecología Acuática (DSEA), Conservación de la Biodiversidad (DCB), Estudio y Observación de la Tierra, Atmósfera y el Océano (DETAO), Sociedad y Cultura (DSC), Agricultura, Sociedad y Ambiente (DASA) y Ciencias de la Sustentabilidad (DCS).