La Misión de la Secretaría es Asesorar técnicamente al Ministro Rector del Sector Agropecuario y a las autoridades sectoriales en la conducción eficiente y eficaz del desarrollo agropecuario nacional, con una visión renovada de la agricultura bajo los principios de competitividad, sostenibilidad y equidad y considerando los cambios en el entorno nacional e internacional.