Existen algunos factores bióticos y abióticos que pueden afectar positiva o negativamente la estructura y diversidad de las comunidades de hongos micorrízicos arbusculares, como la interacción con otros microorganismos del suelo y prácticas agrícolas que incluyen tala, quema, fertilización y labranza. También la población de hongos micorrízicos arbusculares podría ser modulada indirectamente por aspectos de microclima, topografía y especies de plantas.
