La Unión Aduanera Guatemala–Honduras–El Salvador se ha consolidado como una plataforma significativa para la convergencia regulatoria regional en biotecnología agrícola y bioseguridad en Centroamérica. Este artículo analiza el desarrollo e implementación de marcos concertados de bioseguridad dentro de la Unión Aduanera, enfatizando los procesos institucionales, políticos y técnicos que permitieron la coordinación regulatoria entre países con distintas capacidades y enfoques de política pública. El estudio examina la evolución desde iniciativas nacionales de cooperación técnica hasta la adopción de una regulación regional común en bioseguridad, incluyendo el papel de las consultas públicas, la evaluación científica del riesgo y la alineación con instrumentos internacionales como el Protocolo de Cartagena sobre Seguridad de la Biotecnología. Asimismo, el artículo explora los procesos diferenciados de implementación en Honduras, Guatemala y El Salvador, destacando los avances en la regulación de organismos genéticamente modificados (OGM) y productos derivados de nuevas técnicas de mejoramiento, incluida la edición génica. Los resultados demuestran que una convergencia regulatoria gradual, respaldada por cooperación técnica y toma de decisiones basada en ciencia, puede fortalecer las capacidades institucionales, facilitar la innovación y promover la integración regional. La experiencia centroamericana constituye un importante modelo de referencia para otras regiones interesadas en alinear las regulaciones sobre biotecnología agrícola, equilibrando simultáneamente la facilitación del comercio, el desarrollo tecnológico y los objetivos de seguridad alimentaria.