Los plátanos (Musa balbisiana) y bananos (M. acuminata) son frutas importantes para la salud humana, debido a su contenido de almidón, vitaminas y proteínas. Sin embargo, los programas de mejoramiento genético se focalizan principalmente en aspectos agronómicos, sin tener en cuenta sus propiedades funcionales en los procesos agroindustriales. Por tal razón, el objetivo de este estudio fue evaluar las propiedades químicas y funcionales de harinas y almidones en 104 accesiones de la Colección Colombiana de Germoplasma de Musáceas de AGROSAVIA. Se evaluó la viscosidad, propiedades calorimétricas, poder de hinchamiento, solubilidad, contenidos de amilosa, materia seca en almidones y contenido de azúcares y ácidos orgánicos en harinas. Los resultados mostraron que el contenido de materia seca varió entre 87,2 – 89,4% y el de amilosa entre 27,5 – 29,3%, siendo criterios importantes para diferenciar grupos genómicos y orientación al uso. Se resalta los contenidos de fructosa (11,4 - 17,2 mg/g en base seca) (bs) y glucosa (15,9 – 22,3 mg/g) (bs) como principales azúcares encontrados, así como el contenido de ácido cítrico (9,2 - 10,9 mg/g) (bs) y ácido málico (6,3 - 8,1 mg/g) (bs). El análisis de componentes principales logró reducir en un 58% la dimensionalidad de las propiedades evaluadas, explicando más del 70% de la variabilidad con 15 variables. Estas propiedades presentan alta variabilidad para discriminar entre accesiones y grupos formados, lo que indica potencial importante para la estructura de programas de fitomejoramiento en musáceas cultivadas en Colombia, con base en el sector agroindustrial.